Струмичани никогаш не се помириле со Османлиското ропство, па низ целото нивно владеење на различни начини пружале како пасивен така и активен-вооружен отпор. Ајдуштвото е една од најпознатите такви форми на отпор.

Состојбата на струмичани се повеќе се влошувала затоа што Османлиите воделе се почести и неуспешни освојувачки војни, за кои биле потребни огромни ресурси и кои голтале огромен дел од добитокот и производството на нашата котлината. Од друга страна во империјата имало и финансиска криза, на која се придодавале и се поголеми даноци, такси и давачки. Состојбата на населението во Струмица навистина станала неподнослива и тоа довеле до кревање на се повеќе локални побуни, а во почетокот на XVI век, струмичани се почесто почнале да се одметнуваат во ајдуци.

Првите податоци за ајдуштвото во Струмица ги добиваме од Евлија Челебија. Во својот патепис тој тврди дека во планините околу Петрич и Струмица имало толку многу ајдути и арамии што дури и нивите не биле добро обработени, а „чесните луѓе во градовите не можеле на раат да живеат“. Поради тоа софискиот беглербег, морал да преземе казнена експедиција со 10.000 војници, со која ги прогонувал „неверниците — ајдуци”, а оние кои биле фатените ги бесел „по сите ќошиња”.

Колку големо било присуството на ајдуци околу струмичката котлина покажува и фактот што за време на Карпошовото востание, кое иако не стигнало до самиот град, сепак ги натерало Османлиите да размислуваат за повлечување и напуштање на Струмица.

Бидејќи голем дел од карпошевите востаници, а и самиот Карпош бил мортолоз – во април 1690 година, султанот издал ферман до кадиите во неколку градови, меѓу кои и до Струмичкиот кадија, со која наредил на христијаните да им се забрани мартолоска служба. Причината за тоа била јасна, речиси сите мортолози, кога тогаш биле регрутирани или станале ајдуци.

Во ферманот се вели: „за стрелци, што за плата и со пушка се задолжуваат да го чуват вилаетот да не се запишуваат „неверници” — мартолоси, туку само муслимани кои ракуваат со пушки“. Со овој ферман била запечатена судбината на Цареви Кули, и биле отпуштени од служба и последните мартолоси за кои во својот патепис при посетата на Струмица зборуваше Евлија Челебија. Ајдуштвото ќе продолжи да цвета во струмичко, и се повеќе ќе се масовизира, посебно на делот околу Огражден, каде поголем дел од четите ќе се движат.

Во раниот период на Османлиското владеење, на црковен план, Струмичката епархија останала дел од Охридската архиепископија. Во поголем дел од тоа владеење, Охридската архиепископија успеала да ја зачува својата црковна власт над девет митрополии и пет епископии, повеќето од кои биле македонски. Инаку, во вршењето на своите функции, како црковна организација, Охридската архиепископија била самостојна и независна. Привилегиите добиени од султаните се состоеле во тоа што и на Охридската архиепископија биле оставени (но не сите) црковните и манастирски имоти, како и правото да собира разни такси од својата паства.

Струмичкиот епископ имал и извесни судски компетенции, и тоа не само над црквените лица, туку и над сите свои верници. Имено тој бил задолжен за решавање на брачни спорови, на спорови околу наследство итн. Струмичките, а и македонските манастирите, добивале приходи и по пат на подароци и завештанија од верниците. Се подарувале и завештавале различни стоки и имоти — товар зејтин годишно, куќи, лозја, ниви, пари итн. Значителни приходи од тој вид собирале и некои светогорски манастири, особено Зографскиот манастир. Во неговиот поменик, воден од 1527 до 1728 година биле запишани и имињата на голем број дарители-верници од Струмица.

Најголемиот број од подароците се однесуваат на времето по средината на XVI век, што од своја страна укажува на определено економско оживување во Македонија. Во крајот на XVIII век струмички граѓани му подариле пари и на манастирот Трескавец, кај Прилеп.

Оттука можеме да видиме дека струмичките манастири лесно обезбедувале приходи за покривање на нивните расходи. Меѓутоа, во текот на XVII, и особено во XVIII век, ваквата состојба значително ќе се влоши, бидејќи црквени и манастирски имоти во струмичко биле одземани, и од нив се барало се повеќе даноци и давачки.

Некои цркви, особено најубавите, биле претворени во џамии; било забрането градењето на нови цркви, а се појавиле случаи и на масовно присилно исламизирање на македонско население. Османлиската верска толеранција почнала да исчезнува. Тоа придонело Струмичката митрополија како и Охридската архиепископија, да западне во големи долгови од кои не можеле да ги подмират.

За жал, Струмичкиот митрополит Ананис претставува една трагична личност за македонската историја. Имено во почетокот на 1767 година, Охридската архиепископија, била под огромен притисок од страна на Цариградската грчка патријаршија (на фанариотите), која со различни средства и систематски работела на тоа да ја укине и да и ги присвои нејзините митрополити. Па така, последниот Охридски архиепископ, Арсение, кој по потекло бил Македонец – „доброволно” си дал оставка. Струмичкиот митрополит Ананис во овој судир меѓу двете цркви застанал на страната на Цариградската патријаршија и со тоа ја предал Струмица. Со ваквата своја постапка успеал да придонесе, да по осум векови самостоен живот Охридската архиепископија, биде уништена.

Со ваквиот акт Ананис придонел црковниот живот во Струмица засекогаш да се промени. Цариградска патријаршија го искористила овој момент, па веднаш се обидела да ја „елинизира“ Струмица. Црковните даноци, такси и давачки биле постојано зголемувани; на сите владички и други раководни места биле поставувани грци (обично од цариградскиот фанариотски круг). Тоа придонело во Струмица, литургијата и црквените книги на словенски јазик да бидат заменети со грчки.

Подоцна грчкото високо духовенство започнало да отвора и училишта во Струмица на грчки јазик. Со тоа македонската свест и култура, како и писменоста се повеќе биле потиснувани во самиот град. За среќа во струмичките села повеќето попови кои биле македонци, продолжиле да богослужат на македонски, а повеќето од манастирите со нивните ќелијни училишта, продолжиле да ја чуваат нашата писменост и култура.

Ананис, за својата одлука и помош во ликвидирањето на Охридската архиепископија, бил богато награден и се здобил со лична корист, затоа што фанариотите на Струмичката митрополија и доделиле мошне значајно место во новата хиерархија. Патријаршијата тогаш во црковен поглед ги подигнала во повисок ранг црковните центри на Костур, Битола и Струмица, давајќи им ја на нивните митрополити титулата егзарх, која стоела повисоко од обичната митрополитска титула. Со тоа Ананис станал Егзарх, а Струмичката Митрополија, Егзархија.

Поради ваквата одлука на Ананис, Струмица со векови ќе остане под културно и религиозно влијание на грчката пропаганда. Да биде приказната уште потажна, фанариотите ќе се обидат и целосно да ја уништат Струмица, запалувајќи ја во 1912 година, кога конечно ќе бидат приморани засекогаш да ја напуштат.